選び抜かれた大豆を洗浄機にて汚れや異物などを取り除き、水槽へ投入します。この水槽内での水流によってさらに大豆の表面についている汚れなどを除去します。

きれいに大豆を洗浄後、蒸煮をしやすくするために水に浸けて充分に水を吸わせ大豆の組織を軟化させます。これをしんせき浸漬といい、１６℃の水に２０時間浸し、約２倍に膨張させます。これで一日目の工程が終了となります。

浸漬された大豆を高圧釜によって蒸気で蒸します。これを蒸煮といいます。丸大豆で圧力１．３〜１．５ｋｇ／ｃｍ２で３０〜３５分、挽き割りが０．７ｋｇ／ｃｍ２で１〜２分行います。

蒸したあと納豆菌を散布します。このとき、蒸し上がった大豆の温度約８０〜９０℃の状態で納豆菌を散布させます。これは、雑菌の混入防止と胞子の発芽促進（ヒートショック：胞子に熱をかけ刺激を与えると通常よりも良く繁殖する）

納豆菌を散布した納豆を自動充填機によって容器に盛り込み、その後タレやカラシを添付します。

容器に入れた後、金属探知機、計量チェッカーを通して、金属の有無、計量不足などをチェックします。

その後レーンを流れ、バットに詰められます。

８． 容器に盛り込まれた納豆は発酵室で室温３５〜４０℃、湿度８０〜９０℃の環境条件で１８〜２０時間発酵します。機械によってすべて管理され、温度異常の時には警備会社に連絡がいくようになっています。これが２日目の工程です。

発酵された納豆は冷蔵庫で５℃以下に冷却されます。

冷却された納豆を包装機によって包装します。これで完成です。大豆を洗浄してから製品化するまで３日間かかったことになります。